在胶条平衡过程中，SDS和碘乙酰胺扮演着不同的角色，共同确保了蛋白质的充分变性和电泳效率。

SDS（十二烷基磺酸钠）是一种常用的蛋白质溶解剂和稳定剂，它能够破坏蛋白质分子中的疏水区域，使蛋白质分子充分展开并暴露出其多肽链。在胶条平衡的第一步中，通常使用SDS、尿素、甘油、还原剂和嗅芬蓝指示剂来配制平衡溶液。这些成分共同作用，使第一向的胶条上的蛋白质变性，减少两性电解质的电内渗，为第二向的电泳提供基础。

碘乙酰胺（Iodoacetamide, IAA）则在第二步平衡中起到关键作用。与DTT（二硫苏糖醇）不同，DTT是还原剂，常用于去除蛋白质中的二硫键。如果平衡时间过长，会导致蛋白丢失和质谱分析的复杂化。碘乙酰胺可以作为替代品，通过烷基化作用保护SH基团，防止蛋白氧化，从而减少纹理现象，得到更清晰的图谱。这种保护作用有助于保持蛋白质的完整性，尤其是在进行质谱分析时尤为重要。

SDS和碘乙酰胺在胶条平衡过程中各司其职，前者负责蛋白质的完全变性和展开，后者则通过烷基化作用保护蛋白质免受氧化损伤，两者共同确保了胶条平衡的质量和效果。